Das Gebetshaus Winterthur ist als Verein organisiert und besteht aus einem Vorstand sowie aktiven und passiven Mitglieder.

Es ist Teil der Evangelischen Allianz Winterthur, welche zur Schweizerischen Evangelischen Allianz gehört. Der Verein finanziert sich aus Mitgliederbeiträgen, Spenden sowie aus Einnahmen aus den Vereinsaktivitäten. Diese werden für die Deckung der Miet- und Nebenkosten, die Unterstützung von Missionaren sowie anderer Gebetshäuser verwendet.